La Faculté compte également cinq centres externes de recherche, soit le Centre coopératif de recherche en mésométéorologie (CCRM), le Centre interuniversitaire en toxicologie (CIRTOX), le Centre multirégional de recherche en foresterie (CMRF), le Groupe de recherche interuniversitaire en limologie et en environnement aquatique (GRIL) et le Groupe de recherche interuniversitaire en tutoriels intelligents (GRITI). Enfin, s'y retrouvent les équipes départementales de recherche suivantes: l'Équipe de recherche en géométrie différentielle et topologie, l'Équipe de recherche en statistique, le Groupe de recherche en géologie de terrain appliquée (GEOTERAP), le Groupe d'études et de recherche en analyse des décisions (GERAD), le Service de consultation en analyse de données (SCAD).